Saint-Malo deve il suo nome al monaco gallese Mac Low che, verso il VI secolo, diventò vescovo di Alet, culla dell'attuale città, fondata verso la metà del XII secolo su un isolotto roccioso vicino, e nata dalla fusione effettuata nel 1967 con Saint-Servan e Paramé. Fin dal XIII secolo, gli abitanti di Saint-Malo predavano le navi nemiche. Nel 1308, ebbero una comune giurata, poi dal 1395 al 1415 si misero sotto la protezione del Re di Francia, Carlo VI, che concesse loro delle franchigie portuali. Ed è per conservare meglio queste franchigie che i duchi di Bretagna fecero costruire il castello che gli abitanti di Saint-Malo assediarono nel 1590 per dichiararsi poi "Repubblica indipendente" per 4 anni, fino all'abiura del re Enrico IV. Ma già tra il 1534 e il 1542 Jacques Cartier aveva doppiato la rotta di Terranova e scoperto il Canada. La città chiamata un tempo "Saint-Malo de l'Isle", rinchiusa in uno spazio ristretto intorno alla cattedrale, bruciò soprattutto durante un primo incendio scoppiato nel 1661.
