Il villaggio di Cernay, menzionato fin dal 768 in una carta di Pipino il Breve, faceva parte della foresta di Yveline, donata all'abbazia di St. Denis. Nel secolo XI la zona passò in proprietà a Simon III de Neauphle che fondò un'abbazia, successivamente appartenuta all'ordine dei Cistercensi, in prossimità del villaggio nella valle di Rû des Vaux. Per distinguere i due agglomerati, il villaggio fu chiamato Cernay-la-Ville. Il villaggio divenne una piccola signoria sotto la giurisdizione di Chevreuse e fu dominato dal XVI al XVIII secolo dalla famiglia Furet, mentre la maggior parte del territorio era sotto il dominio dell'abate di Vaux-de-Cernay. Borghi isolati e fattorie entrarono a far parte dell'agglomerato principale che si sviluppò, con conformazione triangolare, intorno alla piazza del mercato, sede di numerse locande. Alla fine del XIX secolo Cernay divenne una nota meta di escursioni domenicali. Il suo territorio, ricco di foreste, stagni e cascate, attirò numerosi: François Louis Français (1814-1897), Champin, Jean Alexis Achard, Emmanuel Lancier e Léon Germain Pelouze furono membri della Scuola di Cernay.
